学院目前拥有中医学一级学科博士和硕士学位授权点、1个博士后流动站，3个国家中医药管理局高水平中医药重点学科。中医学一级学科是福建省A类高峰学科，拥有15个二级学科，其中中医诊断学、中医健康管理研究居国内领先水平，中医学学科群整体实力跃上新台阶。